Испания, 1944 год. Среди густых лесов северной Наварры разворачивается жестокая борьба между отрядами повстанцев и силами фашистов. Десятилетняя Офелия, мечтательная и одинокая девочка, прибывает вместе с беременной матерью Кармен в военный лагерь, которым командует её отчим — капитан Видаль. Этот высокомерный офицер армии Франко безжалостно преследует повстанцев, стремясь очистить регион любой ценой. В этом суровом мире Офелия находит утешение в сказках и волшебных историях.
Однажды она обнаруживает рядом с домом древний заброшенный лабиринт. Там её встречает фея, которая проводит девочку в самое сердце лабиринта. В подземном царстве Офелия знакомится с Фавном — могущественным хранителем этих мест. Существо открывает ей невероятную тайну: Офелия является пропавшей принцессой волшебного королевства, которую вот уже много веков разыскивает её отец-король. Чтобы вернуться в своё истинное королевство, девочка должна до наступления полнолуния выполнить три испытания, храня их в строжайшей тайне ото всех.